Eyüp idman yuvası, 1917'de padişah fermanı ile Cemal Kılıç ve arkadaşları tarafından Eyüp'te kurulan ilk spor kulübüdür. Bu hareket ancak iki yıl sürer, savaşın çıkmasıyla kulüp kapatılır. Daha sonra 1919'da Milli Mücadele'ye spor önemli katkı sağlayınca Eyüp İdman Yuvası tekrar kurulur. Amaç hem gençleri spora kanalize etmek hem de Milli Mücadele'ye destek olmaktır.
Renkler sarı eflatun olarak belirlenir. Kulüpte boks, atletizm, voleybol, basketbol branşları vardır. 1927'de federe olmuş ve 1934'te 2. kümede şampiyon olup 1. kümeye yükselmiştir ve 3 yıl Fenerbahçe, Galatasaray ve Beşiktaş’la birlikte 1. kümede mücadele etmiştir. 1956’da profesyonel olmuştur. 1959-60 sezonunda Mali Lig İstanbul şampiyonu, 1981-82'de Terfi Ligi'nde, 1986-87'de 3. Lig’de, 2001-2002'de yine 3. Lig’de şampiyonluklar yaşamıştır.
2014-15 Sezonunda mücadele ettiği 3. Lig 2.Grup'u lider bitirerek 2. Lig'e yeniden çıkma başarısı göstermiştir. 2020-21 sezonunda 2. Lig Kırmızı grupta şampiyonluğunu ilan ederek 37 yıl aradan sonra 1. Lige yükselmiştir. 2023-2024 sezonunda 1. Lig’i şampiyon tamamlayarak tarihinde ilk kez Süper Lig'e yükselmiştir.